La Asamblea General de Accionistas es el órgano superior de gobierno. Le corresponde examinar, aprobar o desaprobar los balances, cuentas y estados financieros que deben rendir los administradores, considerar los informes de la Junta Directiva y del Gerente General y reformar los estatutos de la Empresa. La Asamblea General de Accionistas designa los miembros de la Junta Directiva, teniendo en cuenta la representación proporcional de la propiedad accionaria y atendiendo criterios de competencia profesional, idoneidad y reconocida solvencia moral.

En ella tienen participación las cinco empresas socias: INTERCONEXIÓN ELÉCTRICA S.A. -ISA-, INTERVIAL, INTERNEXA, ISA Perú y Proyectos de Infraestructura de Perú, todas del Grupo ISA.​